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16 avril 2012 1 16 /04 /avril /2012 21:38

Le génotypage des chevaux de GenEndurance a été effectué sur une puce spécifique équine dotée de 74 000 SNP. Une puce est une plaque de verre ou de silicium sur laquelle ont été apposés de petits fragments d’ADN caractéristiques de l’espèce. Chaque séquence d’ADN voisine d’une variation caractéristique nommée SNP (Single Nucleotide Polymorphism) constitue un marqueur. L’analyse du génome s’effectue donc sur 74 000 points répartis sur toute la molécule d’ADN. L’ADN testé (du sang) s’hybride avec le fragment complémentaire présent sur la puce et ce produit est multiplié en présence d’éléments fluorescents. Ces éléments fluorescents permettent à l’ADN hybridé d’émettre un spot ; en fonction de la couleur du spot et de son intensité il est possible de déterminer l’allèle présent sur ce SNP. Le génotypage permet donc de connaitre les allèles de chaque cheval sur 74 000 SNP.

Puce-SNP50.png

La puce équine SNP 50 contenant 54,602 SNP par échantillon

et qui permet l’analyse de 12 échantillons en parallèle (link)

 

Puce_scanner.jpg

Lecture d’une puce au scanner à fluorescence

Chaque point de couleur correspond à 1 SNP – la couleur indique si l’individu est homozygote (2 allèles identiques) ou hétérozygote (2 allèles différents) pour ce marqueur (link)

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Published by genendurance
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Présentation

  • : GenEndurance
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  • : Site d'information du projet de recherche GenEndurance. Ce projet est le fruit d’une collaboration entre l’équipe de Biologie Intégrative et de Génomique Equine de l’INRA (Dr Eric BARREY et coll.) et l’Ecole Vétérinaire d’Alfort (Dr Céline ROBERT). Il a pour objectifs de déterminer les combinaisons de gènes et les caractéristiques phénotypiques (biochimie, métabolisme, morphologie et allures) favorables ou défavorables à la performance en course d'endurance.
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